Master thesis on liver microbiom

(english below)

Masterandenstelle zum Thema „Mikrobiom der Leber“ zu vergeben (ab sofort)

Trotz zahlreicher Kompatibilitätstests zwischen Spender und Empfänger kommt es bei Patienten mit transplantierten Lebern in etwa 30% der Fälle zu post-operativen Komplikationen. Ein bisher nicht beleuchteter Aspekt ist der Einfluss des Lebermikrobioms des Spenders auf den Empfänger. Im Rahmen einer bereits stattfindenden, klinischen Studie am LMU Klinikum soll das Mikrobiom dieser Patienten über verschiedene Zeitpunkte hinweg analysiert werden, um mögliche (bakterielle) Einflussfaktoren post-operativer Komplikationen zu identifizieren.

Die AG Schulz (Medizinische Klinik und Poliklinik 2, LMU Klinikum Großhadern) besteht aus Naturwissenschaftlern und Medizinern und beschäftigt sich seit 2016 hauptsächlich mit demMikrobiom des Gastrointestinaltraktes und deren Wechselwirkung mit den Humanzellen.

Tätigkeiten:

• Aufreinigung von bakterieller RNA aus humanen Proben
• cDNA-Synthese der isolierten RNA
• PCR-Nachweis bakterieller Bestandteile
• Herstellung von Amplicon-Libraries für die (NGS-)Sequenzierung
• Bioinformatische Auswertung der Sequenzierdaten

Fähigkeiten:

• Sauberes, steriles Arbeiten im Labor
• Vorkenntnisse im Umgang mit RNA
• Vorkenntnisse in Mikrobiologie
• Sichere Kommunikation in Englisch
• Vorkenntnisse in multivariater Statistik empfehlenswert
• Vorkenntnisse in R empfehlenswert

Bei Interesse senden Sie gerne eine Kurzbeschreibung über Ihre Kenntnisse sowie den möglichen Startzeitpunkt an: nadine.koch@med.uni-muenchen.de

Master's position on the topic of "Microbiome of the liver" available (as of now)

Despite numerous compatibility tests between donor and recipient, patients with transplanted livers experience post-operative complications in about 30% of cases. One aspect that has not been highlighted so far is the influence of the donor's liver microbiome on the recipient. As part of a clinical study already taking place at the LMU Hospital, the microbiome of these patients is to be analysed over various time points in order to identify possible (bacterial) factors influencing post-operative complications.

The working group of AG Schulz (Medizinische Klinik und Poliklinik 2, LMU Klinikum Großhadern) includes natural scientists as well as medical doctors and works mainly (since 2016) on the microbiome of the gastrointestinal tract and their interplay with the human cells.

Tasks:

• Isolation of bacterial RNA from human samples
• cDNA synthesis of extracted RNA
• PCR-based detection of bacterial components
• Production of amplicon libraries for (NGS) sequencing
• Bioinformatic analysis of sequencing data

Skills:

• The ability to work clean / sterile in the lab
• Prior knowledge of working with RNA
• Prior knowledge in microbiology
• Good communication skills in English
• Prior knowledge of multivariate statistics recommended
• Prior knowledge of R recommended

If you are interested, please send a short description of your skills and the possible starting date t:
nadine.koch@med.uni-muenchen.de